Ο αγρότης εξακολουθεί να υπάγεται στο ειδικό καθεστώς, έστω και αν πωλεί τα προϊόντα του ύστερα από κάποια στοιχειώδη επεξεργασία που γίνεται με συνηθισμένα μέσα, στα πλαίσια της αγροτικής του παραγωγής, και εφόσον μετά την επεξεργασία αυτή, τα προϊόντα του δεν χαρακτηρίζονται ως βιομηχανικά ή βιοτεχνικά.
Για παράδειγμα ο ελαιοπαραγωγός που πωλεί το λάδι σε τενεκέδες ή ο αγρότης που πωλεί εμφιαλωμένο κρασί ή τσίπουρο, το οποίο δεν έχει υποστεί ιδιαίτερη επεξεργασία, αλλά είναι προϊόν φυσικής ζύμωσης δεν αποκλείεται από το ειδικό καθεστώς ΦΠΑ. Σε αυτές τις περιπτώσεις οι φορολογούμενοι δεν χρειάζεται να έχουν λογιστή, να τηρούν βιβλία, να υποβάλουν περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ κλπ.
Όσοι όμως αγρότες έχουν μεγαλύτερους τζίρους ή λαμβάνουν μεγαλύτερα ποσά επιδοτήσεων εντάσσονται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ και τηρούν υποχρεωτικά βιβλία.
Επίσης στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ εντάσσονται φορολογούμενοι που ασκούν παράλληλα αγροτική δραστηριότητα όπως:
Επαγγελματίας από άλλη αιτία (εμπορική επιχείρηση, ελεύθερος επαγγελματίας): Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς, ανεξάρτητα από το ύψος των επιδοτήσεων του, ή από το σύνολο των πωλήσεων του. Ο φορολογούμενος θα πρέπει να προσθέσει στη δραστηριότητα του και τον ΚΑΔ για τις αγροτικές του καλλιέργειες στην αρμόδια Δ.Ο.Υ.
Ελεύθεροι επαγγελματίες απαλλασσόμενοι του ΦΠΑ (π.χ. γιατροί): Εντάσσονται στο κανονικό καθεστώς με την προσθήκη ΚΑΔ για την αγροτική τους δραστηριότητα.
Αγρότης του ειδικού με παρουσία στις λαϊκές αγορές: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.
Αγρότης του ειδικού με αγροτικό φωτοβολταϊκό έως 100KW: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.
Αγρότης του ειδικού με ενοικιαζόμενα δωμάτια: Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς και για τα αγροτικά του εισοδήματα.
Αγρότης του ειδικού με εκμετάλλευση αγροτικών μηχανημάτων, όπως είναι οι θεριζοαλωνιστικές μηχανές, τα σπαρτικά μηχανήματα που προσαρτώνται σε τρακτέρ, κλπ, υποχρεούνται να ενταχθούν στο κανονικό καθεστώς ΦΠΑ και για την αγροτική τους εκμετάλλευση.
Αγρότης ειδικού καθεστώτος με επιδοτήσεις μεγαλύτερες των 5.000 ευρώ. Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς.
«Νέος Αγρότης» : Εντάσσεται υποχρεωτικά στο κανονικό καθεστώς με βάση τις επιδοτήσεις (άνω των 5.000 ευρώ) στις οποίες λαμβάνεται υπόψη και η «ενίσχυση για γεωργούς νεαρής ηλικίας».
Συνταξιούχος/μισθωτός δημοσίου/ιδιωτικού τομέα με εισπραχθείσες επιδοτήσεις άνω των 5.000 ευρώ.